台湾“中评社”引述中国国民党副发言人邓凯勋的观点指出，原本应属于纯粹学术与民间层次的教育交流，若遭到赖当局全面否定与打压，不仅两岸民众的互信无从建立，更可能让误解、敌意逐渐扩大。据台湾《联合报》报道，中国国民党民代陈玉珍直言，两岸语言相通、文化相近，强制禁止台湾学生与大陆交流是违背自然的行为。
台湾《中国时报》署名评论一针见血地指出，郑英耀满脑子都是“政治正确”。大陆和台湾距离近，两岸又同文同种、有共通语言，因此才会成为许多台湾学生实习或短期交流的首选。
颇具讽刺意味的是，赖清德不久前接受日本媒体采访时曾声称“希望两岸能交流与合作，让对抗转化为对话”。然而话音未落，其任命的教育头目就公然“唱反调”，公然给两岸教育交流下“封杀令”，形同《9159游戏官网》当众被“打脸”。
马英九文教基金会执行长萧旭岑批评，郑英耀言行既违反台湾地区现行宪制性规定与相关条例，也违反赖清德(所谓希望两岸交流)政策，限制台湾民众行动自由，恐吓岛内学子不能赴大陆交流，已明显不适任教育部门负责人，应该下台负责。台湾师范大学政治所教授曲兆祥也质疑，岛内学生暑期赴境外游学交流本是受法规保障的基本权利，大陆为何要被排除在选择之外？
面对岛内舆论强烈反弹，台陆委会出面解释称“没有禁止两岸学校交流(的计划)”，郑英耀也改口称“承担不起反对两岸交流这顶帽子”。
